Az Intézetben 2001 óta folynak klinikai labordiagnosztikai vizsgálatok,melyeket a Nemzeti Egészségbiztosítási Alapkezelő finanszíroz. Autoantitest diagnosztika immunszerológiai módszerekkel, illetve sejtfelszíni és intracelluláris molekulák kimutatása áramlási citometriával a két fő klinikai diagnosztikai tevékenységi profil. A vizsgálatok spektruma és száma folyamatosan bővül, elsősorban a régióban dolgozó klinikai orvosok igényeinek figyelembevételével, bizonyos vizsgálatokban országos lefedettséggel. A diagnosztikai laboratórium az MSZ EN ISO 15189:2013 minőségbiztosítási rendszerben a NAH -9-0007/2021 számon akkreditált vizsgáló laboratórium.